La diferencia entre la instalación de Java 5 y Java 6 (aparte del tema que ya la aplicación no es de Sun Microsystem, sino que de Oracle) es que en mi caso cambio la carpeta ofrecida para la instalación de Java 6 a C:\opt\java6\. Cuando se instala normalmente la otra diferencia que surge con la instalación de Java 5 se refiere a que en la instalación se pide adicionalmente un lugar para instalar por separado el JRE…
pero por mi parte utilizo la misma carpeta que fue creada por el instalador de Java 6…
El instalador instala los archivos y remueve otros…
Finalmente sólo debes finalizar la instalación….
Así termina la instalación del JRE, para después terminar la instalación de Java.