Cuando tienes una aplicación Flex funcionando y quieres que se traspase a Air debes seguir los siguientes pasos:
En el archivo .actionScriptProperties en la etiqueta compiler cambiar useApolloConfig=»false» hacia useApolloConfig=»true».
En el archivo de tu aplicación MXML cambiar la raiz del XML desde Application hacia WindowedApplication.
En el archivo .project reemplazar la naturaleza del proyecto desde
com.adobe.flexbuilder.project.flexnature
hacia
com.adobe.flexbuilder.apollo.apollonature
Finalmente debes incluir un archivo descriptor de la aplicacion
MiAplicacion MiAplicacionAir MiAplicacionAir v1 Inicio.swf MiAplicacion standard -->true 800 600
Esta debiese estar dentro del directorio raiz de tu aplicacion (por lo general donde mismo esta tu MXML).