Puedes ejecutar tu aplicación flex modificada a Air con el SDK que Adobe disponibiliza. Lo descargas segun sea tu sistema operativo (Mac OS, Windows o Linux) y lo instalas. En mi caso descomprimi el zip que descargue para Windows, esta debiese contener las carpetas segun muestra la imagen:
Luego agrega la carpeta bin (en mi caso E:\opt\AdobeAIRSDK) a la variable de entorno PATH
Y finalmente puedes ejecutar tu aplicacion a traves de la linea de mando
adl Inicio-app.xml
En donde Inicio-app.xml es el descriptor de la aplicación, como se explico anteriormente.