Dentro del método de trabajo que tengo es crear una carpeta en algun disco (generalmente en C:\) llamado C:\opt\ esto para instalar programas que por lo general utilizan línea de mando para ser llamados. En algunos casos, sobretodo en Windows, el hecho de que las aplicaciones se instalen en «Archivos de programa» por ejemplo, genera en problemas, ya que el nombre contiene espacios, lo que para algunos programas solo genera dolores de cabeza.
En mi caso, al establecer c:\opt\ como directorio me evito el problema de los espacios, además de ser lo suficientemente corto para que en los scripts que genero (para compilar por lo menos) funcionen adecuadamente.