Para exportar un esquema desde DB2 debe hacerse con una de las herramientas que trae consigo db2, llamada db2look. Con ella puedes exportar el DDL de un esquema sin problemas, basicamente podrías ejecutar
db2look -e -d nombreEsquema -o db2look.sql
Con lo que obtendrás basicamente la información de las tablas, con sus indices y claves primarias. Esto en conjunto con otras herramientas te pueden ayudar a exportar una base de datos desde un servidor a otro.