Si es que debes asumir el riesgo de saltarte las API y los Webservices que están para moodle, tambien debes preocuparte del encriptamiento correcto de la password de moodle a la hora de la insercion de un usuario de autenticación manual. Tiene que ver con la generacion en MD5 más una variable presente en el config.php de moodle.
$default=MD5('default'.$CFG->passwordsaltmain);