Existe más de una herramienta para trabajo en Java, dentro de ellas Eclipse, NetBeans, Intellij IDEA, entre otras.
Cada una de las herramientas tiene su propia forma de permitir al usuario trabajar con Java, y en general te invito a trabajar con la que menos te incomode, aquí no te voy a decir que herramienta es mejor que otra, ya que todas tienen su potencia, y debido a que la experiencia de cada usuario es distinta, sólo puedo insistir, no trabajes con la mejor herramienta, sólo con la que menos te incomode.